而李国俊以前的两个副手，王华钦出任税务总局局长，专职负责大明所有税收的收取。王执则接任工商总局局长。原户部尚书王绍徵平级调动到农业部，专管农业。随同陈子壮一起在奥斯曼出任使节多年的崔呈秀，出任商务部尚书。
从以前户部里拆分出来的还有一个部门：审计署。是专门对政府部门进行经济监督的。朱由栋给这个部门配上了让全国官员心惊肉跳的主官：信王朱由检。
教育部尚书自然是喜欢教书育人的张以诚。而兼管理藩院的外交部尚书，则交给了陈子壮。
国防部尚书仍然是杨镐：大明这会的国防部其实就是一个军队后勤部。而独立出来的负责征兵、建立后备役，安置退役士兵，保障将士利益的兵役总局第一任局长，则是朱由栋小时候的侍卫长，原大明皇家军事学院的院长，李世忠。
第一任公安部尚书，是从方山学校毕业后就一直在各地做推官的简王朱由?。
司法部的主要职责是负责监狱管理、犯人劳教、诉讼、普法以及未来的大明司法考试等事项。经过大家反复会商，最后定下，由当年在孔府案中表现积极的王在晋出任第一任司法部尚书。
而最高法院院长，自然是熊廷弼出任。
第一任建设部尚书，由文震孟出任：文徵明家族是这个时代最著名的工程师家族，大明几乎所有顶级权贵的私人庭院都是由其家族设计。大明已经进入了工业时代，城市规模将急剧扩张。家学渊源的文震孟，将担负起全国道路规划、新城建设、旧城改造等繁重的工作。
重工业部尚书，由在建设河套重工中心时表现出色的袁应泰担任。而轻工业部尚书，则由在应天担任巡抚多年，熟悉轻工业生产的李标出任。
科技部尚书，徐光启。
卫生部尚书，吴又可。
宣传部尚书，大明政治学院院长，张世泽。
原通政司主官通政使陈子壮调任外交部后，原顺天巡抚顾秉谦出任通政使。而原福建布政使孙传庭则接任顺天巡抚。洪承畴则出任应天巡抚。
都察院左都御史仍为赵彦。
这一批主官里，帝师党仍然牢牢占据核心职位，但真正的方山学校出身的师生们，已经开始崭露头角。同时，整个中央政府的各部官员，经过如此调整后，其平均年龄也从以前的60+一下子掉到了45+。
中央都是如此了，在地方上，方山学校出身的师生们，毫无疑问将会获得更多的职务。大明官场，新老交替逐步开始。朱由栋花费数十年心血培养出来的近代人才们，开始迭次走上舞台！